حدّد مشروع نظام أمن المنشآت ستّ مخالفات تستوجب عقوبات صارمة، منها الدخول إلى منشأة محظورة دون تصريح أو بتصريح منتهي الصلاحية، أو البقاء فيها بعد انتهاء التصريح، أو رفض التفتيش الشخصي أو تفتيش المركبة، أو تصوير المنشأة المحظورة.
وتشمل العقوبات في مسودة النظام عقوبة الإنذار أو الغرامة التي قد تصل إلى 100,000 ريال، أو تعليق الترخيص مؤقتًا أو إلغاؤه، وفقًا لخطورة المخالفة وتكرارها، مع مراعات الظروف المشددة والمخففة لكل حالة.
ويشمل التطبيق المنصوص عليه في المشروع كافة الأنشطة في المنشآت الحيوية والحساسة، سواء كانت حكومية أو خاصة، مثل المنشآت البترولية، النووية، مرافق توليد الطاقة والمياه والكهرباء والاتصالات، مرافق التخزين، والمرافق التي تعطلها تؤثر على الأمن أو الاقتصاد أو البنية التحتية الوطنية.
كما نص المشروع على إعداد جدول يُوضّح تصنيف المخالفات مع تحديد العقوبات المرتبطة بها ومددها، مع الأخذ بالتدرج في العقوبة ومراعاة تنفيذ الإجراءات التأديبية بحق الموظف العام إذا ارتكب مخالفة من هذه المخالفات.