بقراءة أولية للنظام الداخلي لمؤتمر الحوار الوطني نجد أن هناك ثغرات خطيرة لهذا النظام تتناقض والأهداف العامة للمؤتمر. وفيما يلي أهم هذه الثغرات:

1- في المادة 34 البند الثاني الفقرة ج والتي تنص على{{عند عدم توافر اغلبية ثلاثة الارباع في الجلسة العامة يعاد الأمر للجنة التوفيق لبذل كافة الجهود المطلوبة للتقريب بين وجهات النظر المختلفة وإلزام الفعاليات بالتوافق ، وعند عدم التوصل الى التوافق ترفع القرارات المختلف عليها في الجلسة العامة الى رئيس المؤتمر الذي يقوم بالعمل على تحقيق التوافق حولها وذلك ببذل المزيد من الجهد والتشاور مع المكونات والفعاليات المشاركة في مؤتمر الحوار الوطني وله ان يقدم مشاريع قرارات بعد التشاور لحسم هذه الخلافات الى لقاء يضم رؤساء كل المكونات والفعاليات المشاركة في الحوار شريطة ان يكونوا مفوضين من مكوناتهم وفعاليتهم تفويضاً مكتوباً}}

وثغرات النص السابق يمكن تحديدها في النقاط التالية:
أ‌- في الشق الأول من الفقرة تم استخدام كلمة إلزام الفعاليات بالتوافق، وهنا نجد تناقض واضح بين الإلزام والتوافق، وكان الأحرى استخدام كلمة حث الفعاليات بالتوافق.
ب‌- في الشق الثاني من الفقرة والتي تتحدث عن تقديم رئيس المؤتمر (رئيس الجمهورية) مشاريع قرارات لحسم الخلافات حول القرارات التي لم يتم الاتفاق حولها، لم تشر الفقرة إلى الآلية التي سيتم بها إقرار هذه المشاريع، حيث أكتفت بذكر اللقاء برؤساء المكونات والتفويض المكتوب. وغياب ذكر لآلية إقرار مشاريع القرارات هذه، يفتح الباب لتأويلات عديدة منها؛ إن اللقاء سيطلع على مشاريع القرارات دون أن يكون له حق رفضها، ومن ثم فإن رئيس الجمهورية (رئيس المؤتمر) سيتمتع بصلاحيات اتخاذ القرارات المختلف حولها، وهذا الأمر ينسف فكرة المؤتمر من أساسها، لأن تفويض رئيس المؤتمر بإصدار القرارات ينزع السلطة من أعضاء المؤتمر ويجعل مشاركتهم في المؤتمر وكأنها مجرد جلسات للحوار وللاستماع ليس إلا. وعلى هذا الأساس ينبغي تعديل هذه الفقرة لتشير بكل وضوح إلى الآلية التي سيتم فيها إقرار مشاريع القرارات الرئاسية خلال اجتماع اللجنة المكونة من رؤساء المكونات والفعاليات.
ت‌- أشارت الفقرة السابقة إلى رؤساء الكتل والفعاليات، وحيث أن هناك عدد من الكتل والفعاليات التي ليس لها رئيس من قبيل: النساء والشباب المستقلين ومنظمات المجتمع المدني وكتلة رئيس الجمهورية، فإن هذه الكتل لن تمثل في اللقاء الخاص بإقرار مشاريع القرارات الرئاسية، وعدم حضورها هذه اللقاءات الحاسمة يعني بأن وجودها في المؤتمر لا يعدوا من أن يكون وجوداً صورياً وديكوراً يزين المؤتمر ليس إلا.

2- في المادة (37) والتي تنص على { يتم اختيار رئاسة فرق العمل بالتوافق في أول يوم تلتقي فيه}
والثغرة في هذه المادة أنها لم توضح آلية الاختيار في حال لم يكن هناك توافق على اختيار رؤساء بعض الفرق، وهذا الأمر متوقع ومحتمل جداً، فكثير من الفرق لن تتوافق بسهولة على اختيار رئيس لها، لأهمية منصب الرئيس ودورة في تسيير عمل الفريق وتوجيهه الوجهة التي يريدها. والنتيجة المتوقعة من هذه الثغرة أن كثير من اللجان لن يكون لها رئيس أو أن التوافق على الرئيس سيستغرق وقت وربما جلسات عديدة حتى يتم التوافق عليه، وقد تصبح بعض اللجان بدون رئيس لفترة طويلة ومن ثم لا تنعقد هذا اللجان وفق الجدول الزمني المقر.

3- المادة رقم (41) البند (2) الفقرة (ب) والتي تنص على { عند تعذر التوافق يرفع القرار المختلف فيه الى لجنة التوفيق لتقوم بالتواصل مع المكونات والأفراد للتقريب بين وجهات النظر المختلفة، وفي حال تعذر التوافق بين الفريق بعد الاحالة للجنة التوفيق يصوت على القرار ويعتبر القرار نافذا بأغلبية ثلاثة أرباع الحضور من اعضاء فريق العمل ، وعند عدم توافر اغلبية ثلاثة الارباع في الفريق ترفع القرارات المختلف عليها الى رئيس المؤتمر الذي يقوم بالعمل على تحقيق التوافق حولها وذلك ببذل المزيد من الجهد والتشاور مع المكونات والفعاليات المشاركة في مؤتمر الحوار الوطني وله ان يقدم مشاريع قرارات بعد التشاور لحسم هذه الخلافات الى لقاء يضم رؤساء كل المكونات والفعاليات المشاركة في الحوار شريطة ان يكونوا مفوضين من مكوناتهم وفعاليتهم تفويضاً مكتوباً}
تكرر الفقرة السابقة نفس الثغرة المذكورة في الفقرة ج من المادة (34) والتي سبق شرحها.

4- في المادة (44) والتي تنص على {يجب أن لا تقل نسبة الحضور عن 75% عند التصويت على القرارات الموضوعية في كافة هيئات المؤتمر، مع مراعاة عدم تغيب مكون بصورة كاملة}
الثغرة في هذه المادة تعارضها مع الكثير من المواد الخاصة بإقرار القرارات التي أشتملها النظام الداخلي للمؤتمر، خاصة الفقرة (أ) في البند رقم (2) في المادة رقم (34) والتي تنص على { تتخذ قرارات الجلسة العامة بالتوافق الذي يتحقق بموافقة 90% من الحضور على الأقل، على ألا يكون جملة المعترضين من مكون واحد} فنص هذه الفقرة يتعارض مع نص المادة (44) غير أن الثغرة الخطيرة تتعلق بما ذكرته المادة حين استخدمت كلمة مراعاة عدم تغيب مكون بصورة كاملة، فهذا الأمر يفتح الباب لتأويلات خطيرة منها: أن كلمة مراعاة قد تفهم بأنه لن يتم التصويت على القرارات الموضوعية في حال كان هناك غياب كلي لأحد المكونات، وهذا يعني بأن المؤتمر منح جميع المكونات حق الفيتو (حق الاعتراض) على أي قرار موضوعي، فوفقا للتأويل الذي ذكرناه، سيصبح بإمكان أي مكون تعطيل إصدار إي قرار من خلال الانسحاب أثناء جلسة التصويت أو قبلها. والنتيجة أن هذه المادة أوجدت شروط يصعب، إن لم يكن يستحيل، توفرها لإقرار القرارات الخطيرة والمختلف حولها، حيث أن من المستحيل أن تقبل جميع المكونات بالكثير من القرارات التي ترى بأنها في غير صالحها.

والنتيجة الخطيرة لهذه المادة أن القرارات المهمة للمؤتمر لن يتم إقرارها، وهو ما يعد نسف لفكرة المؤتمر من أساسها.

يمكن القول من كل ما سبق بأن النظام الداخلي لمؤتمر الحوار الوطني تمت صياغته وفقا لتوافقات الأطراف المتصارعة، ودون تمحيص حقيقي من قبل الخبراء. أو أن عامل الوقت والتسويات السياسية أدت إلى هذه الثغرات التي ينبغي تعديلها إن كان ذلك ممكن.